Lobão é alvo de inquéritos no Supremo Tribunal Federal (STF) relacionados à Operação Lava Jato. Ele foi citado em delações premiadas como um dos beneficiários do esquema de desvio de dinheiro na Petrobras ao lado de outros nomes do PMDB. Em outro inquérito, é investigado por irregularidades nas obras das usinas de Angra 3 e Belo Monte. Na época, ele ocupava o cargo de ministro de Minas e Energia, durante o governo de Dilma Rousseff. A defesa do senador, que atualmente preside a Comissão de Constituição e Justiça (CCJ) do Senado, nega as irregularidades. Segundo a reportagem apurou, foi o próprio banco suíço que, após o nome de Lobão aparecer entre os citados na Lava Jato, optou por comunicar as autoridades do país europeu. As contas, no entanto, não estão em nome do senador, mas de pessoas e empresas ligadas a ele, segundo informou um procurador que acompanha o caso. O que chamou a atenção dos investigadores é que parte das transferências ocorreu sem qualquer tipo de justificativa, o que acendeu sinais de alerta entre os serviços de monitoramento.
